L'une des priorités d'actions qu'il convient d'entreprendre dans une telle situation de dégradation d'une espèce, consiste à réduire les facteurs de mortalités directes des derniers individus sauvages. Pour l'esturgeon européen, la conservation de l’espèce dans son milieu naturel repose sur deux actions principales :

- la réduction significative des mortalités liées aux captures accidentelles, de façon à obtenir un meilleur taux de retour des géniteurs de l'espèce sur les zones de reproduction, passe par la mise en place de campagnes d''information et de sensibilisation des pêcheurs ;

- le contrôle de l’introduction dans le milieu naturel d’espèces d’esturgeons allochtones doit permettre de limiter les risques d’ hybridation ou de compétition avec l’esturgeon européen, ainsi que les problèmes de confusion par les pêcheurs.

Afin d’évaluer l’état et l’évolution de l'espèce, un suivi des indicateurs de population doit être maintenu. Ces indicateurs permettent notamment, sur la base d'observations des juvéniles en estuaire, d'attester l'existence de reproductions naturelles sur le bassin ou d’apprécier le niveau de réussite de lâchers d’ alevins issus de reproductions artificielles. L’enregistrement des déclarations de captures accidentelles, qui sont à ce jour les seules sources d’information permettant de délimiter une aire de répartition marine de l’espèce, doit être poursuivi. La présence dans les eaux libres d'espèces exotiques ou d'esturgeons hybrides, tolérants ou non les eaux salées, doit également être rapportée et suivie.